Aunque la Compañía de Jesús no estaba establecida todavía en La Española, los primeros dos o tres jesuitas llegaron a la isla en 1679. Esos religiosos se hacen cargo de las clases de gramática y de moral del que originalmente fuera Colegio Santiago de la Paz, levantado por Hernando Gorjón entre 1538 y 1547 en la hoy calle Isabel la Católica (entre la Arzobispo Portes y José Gabriel García) y al que después de la muerte de Gorjón en 1550 le fue incorporado un seminario, convirtiéndose en universidad en 1558 gracias a las gestiones del Arzobispo de Santo Domingo.

En 1701 Felipe V de Borbón autorizó que los jesuitas fundaran en Santo Domingo su propio centro de estudios y se les cedió el antiguo edificio del Colegio-Seminario de Gorjón que se encontraba en muy malas condiciones. Allí daban sus clases pero no lo utilizaban como residencia. Al no tener iglesia todavía, estos religiosos confesaban y predicaban en la Catedral.

En 1711 eran solamente tres sacerdotes y dos legos que les ayudaban. Pasan a ocupar la casa ubicada en la calle Las Damas esquina Mercedes, que es una de las residencias construidas por Ovando, y se dice que las obras para la nueva residencia y las nuevas aulas, que llegaron a extenderse por la calle Mercedes hasta la Isabel la Católica, comienzan entre 1715 y 1716.

Estos locales se anexaron a los que fueron de Ovando y en el año de 1748, este centro de estudios se convierte en la Universidad Real y Pontificia de Santiago de la Paz y Gorjón, reestableciéndose también el seminario igualmente a cargo de los jesuitas.

No puede afirmarse con certeza en que año se inició la construcción de la iglesia, pero se sabe que los trabajos continuaban en 1740 y que entre los años 1743 y 1745 abrió el culto al público, aunque estaba por terminarse su exterior.

El plano de este sobrio monumento, con su fachada de estilo neoclásico renacentista, está inspirado en la cruz latina, muy utilizada por los jesuitas para construir sus iglesias. Su fachada se compone de una puerta principal, estrecha y sin decoración, con arco conopial rebajado, y de dos puertas laterales de menor tamaño aún, lo que ofrece un fuerte contraste con la gran elevación del edificio.

Cuando en 1767 el rey Carlos III expulsó a la Compañía de Jesús de todos los dominios españoles, sus dependencias se utilizaron como almacén, local de oficinas públicas, sala de teatro y un centro cultural que tuvo gran influencia en el siglo XIX.