Aunque según ciertos datos, la construcción de la Iglesia y Hospital de San Lázaro, tercer hospital de Santo Domingo, fue ordenada mediante las Leyes de Indias en el año 1573 para atender especialmente a los enfermos de lepra y a la población de escasos recursos que padecía enfermedades contagiosas, un documento de 1554 refiere que el regidor don Francisco Dávila legó en su testamento cierta cantidad de ladrillos “para la obra de San Lázaro” así como para la fábrica de Cabildo de la Catedral.

Luis Jerónimo de Alcocer, Abogado de la Real Audiencia de Santo Domingo y racionero de la Catedral en el año 1627, más tarde catedrático superior de latín y capellán del Colegio de Gorjón, nombrado en 1662 tesorero de la colonia gobernada por los españoles y autor de una interesante relación sumaria del estado de la Isla Española, nos dice que en el año de 1650 el oidor don Juan Melgarejo Ponce de León, ordenó una “reparación de la Iglesia y las dos capillas colaterales.”

Para esta fecha, Alcocer se refiere a San Lázaro como “muy antiguo” y menciona que el Rey le había concedido igual privilegio que al Hospital de San Lázaro en Sevilla, agregando “si se acabara fuera uno de los mejores de las indias.”

El templo presenta una nave, de coro alto y ábside poligonal con sus tres tramos techados por una bóveda esquipada. Aunque esta bóveda no es la única de este estilo, es mayor que la que tiene la Capilla de Jesús en la Columna, hoy Capilla de Santa Lucía en el lado sur de la Catedral.

Puede verse en el dintel del portal, de gran atractivo artístico, la figura del santo patrono cuyas heridas lame un perro, escena que se repite en la clave de la capilla de los lazaretos.

La puerta del pie de la iglesia está precedida de un grande porche soledizo, originalmente almenado y encuadrado por un alfiz rehundido que señalaba una comunicación con el hospital. De las otras puertas que tiene ese mismo lado, la última del norte se comunicaba con la capilla de los leprosos.

Las almenas colocadas sobre el portal de San Lázaro son de estílo isabelino mudejar. En el año de 1751 un terremoto destruyo una gran parte del conjunto.

Hoy día, se conoce como San Lázaro a un sector de la ciudad en el que se saludan el silencio de un histórico pasado que se resiste a desaparecer, y el bullicio de un presente que se impone.